Sieć rzeczna jest słabo rozwinięta, główne rzeki to: Tana i Galana; na północy i wschodzie występują rzeki okresowe; w strefie zapadliskowej występują liczne jeziora, największe to Jezioro Turkana, na zachodzie Jezioro Wiktorii (większa część jeziora znajduje się na terytorium Tanzanii).
Najdłuższe rzeki:
- Tana 708 km
- Athi-Galana-Sabaki 547 km
- Suam-Turkwel 354 km
- Arror-Kerio 350 km
- Ewaso Ngiro (północna) 330 km
- Mara 290 km
- Nzoia 258 km
- Voi 210 km
- Ewaso Ngiro (południowa) 140 km
Największe wodospady:
- Gura 273 m
- Kindaruma (Seven Forks) 135 m
- Nyahururu (Thomson's Falls) 73 m
- Swift-Rutherford 67 m
|